No CIVO, o processo inicia-se com a admissão e pesagem de resíduos orgânicos e minerais, não perigosos, para mistura e/ou tratamento. Os resíduos admitidos caraterizam-se por possuírem caraterísticas físicas e químicas que lhes conferem potencial para serem diretamente aplicados na agricultura, através da valorização agrícola direta, ou terem potencial para serem integrados num processo de digestão aeróbia (compostagem), com vista à obtenção de um fertilizante orgânico.

Neste, podem ser rececionados uma vasta tipologia de resíduos orgânicos (ver Resíduos Admissíveis):

Estes resíduos, em função da sua origem, podem ter uma textura mais fina ou mais grosseira, assim como diferentes níveis de humidade e apresentarem também caraterísticas químicas distintas, que é necessário conhecer e avaliar.

O processo de mistura, para constituição das pilhas, obedece a regras e cuidados específicos, uma vez que o seu rigor influencia todo o processo e, consequentemente, as caraterísticas do produto final.

Após o término do processo de compostagem, o composto é crivado e encaminhado para maturação, sendo posteriormente pesado e expedido para destino final.